3年前的8月31日，巨大的宇宙飞船“母舰”突然来袭东京，仿佛世界末日即将来临。之后，绝望的状况逐渐融入日常生活，母舰在上空漂浮的异样景象成为了理所当然的事。在这样的情况下，女高中生小山门出和“恩丹”中川凰兰，和班主任老师渡良濑以及关系很好的朋友们一起过着平淡的学生生活……。
